Preparate la pasta bignè: mettete in una pentola l'acqua assieme al sale e al burro a pezzetti. Fate sciogliere il tutto mescolando per amalgamare e poi, quando avrà iniziato a bollire (non prima!), versate la farina preventivamente setacciata tutta d'un colpo. Togliete dal fuoco e mescolate energicamente per far addensare e creare una massa compatta che si stacca dalle pareti della pentola. Rimettete sul fuoco a fiamma media e continuate a girare fino a quando non sentirete sfrigolare sul fondo. A questo punto, mettete l'impasto su un piano e appiattitelo leggermente. Lasciate raffreddare.
Nel frattempo potete preparare la crema pasticciera: mettete il latte assieme alla vaniglia e alla scorza di limone pelata intera sul fuoco medio e portate a sfiorare il bollore. Nel mentre, mettete in una ciotola lo zucchero, la maizena e le uova. Sbattete bene con le fruste elettriche e quando il latte sarà pronto aggiungetelo in due riprese facendolo passare per un setaccio (dopo aver eliminato la scorza). Mescolate bene e versate il tutto nella pentola, quindi riportate sul fuoco medio mescolando costantemente con una frusta a mano fino a quando non si addensa. Una volta pronta, versatela in una ciotola fredda di freezer e mescolare energicamente con la frusta a mano per farla raffreddare un po' ed evitare la formazione di grumi. Alla fine cospargetela con un po' di zucchero semolato che attirerà a sé l'acqua impedendole di seccare. Mettete in frigo.
Una volta freddo, mettete l'impasto bignè in una ciotola capiente e aggiungete un uovo alla volta (leggermente sbattuto) mescolando bene con un cucchiaio di legno o una forchetta (io preferisco la seconda). Aggiungetene un altro solo quando quello precedente sarà stato completamente assorbito. Alla fine otterrete una sorta di crema compatta. In alternativa potete realizzare questo passaggio con la planetaria: aggiungete sempre un uovo alla volta e mescolate con la frusta a foglia per amalgamarlo all'impasto. Inserite l'impasto in una sac à poche con bocchetta a stella (8-12 mm circa, ma non più piccola altrimenti dovrete fare più giri di impasto e in cottura la zeppola si deformerà). A questo punto formate le zeppole direttamente sulla teglia coperta da carta forno. Realizzate un solo cerchio, a modo di ciambella, facendo attenzione a chiuderlo bene ma senza senza "tappare" il foro centrale. Non realizzatene più di 6 su ogni teglia e abbiate cura di distanziarle perché in cottura cresceranno molto. Lasciate le zeppole così formate all'aria per 30/40 minuti circa.
In seguito, infornate in forno statico già caldo a 200° per i primi 10 minuti, poi abbassate a 180° senza aprire il forno (mi raccomando, altrimenti si sgonfieranno irrimediabilmente!) per altri 20-25 minuti. Infine spegnete il forno e apritelo a spiffero, quanto basta per inserire un mestolo di legno e far entrare un po' d'aria. Lasciate le zeppole all'interno per altri 10 minuti, poi sfornatele e lasciatele raffreddare completamente su una gratella. Ripetete l'operazione per la seconda teglia.
Una volta fredde, completate le zeppole sulla parte superiore con la crema pasticciera (o diplomatica, aggiungendo alla crema anche la panna montata - io ne ho fatta una versione semimontata) e qualche amarena. Spolverizzate con zucchero al velo e servite.